A New Horizons não teve como objectivo orbitar Plutão e depois de passar pelo pequeno planeta, a sonda continuou para os confins do Sistema Solar, penetrando profundamente na Cintura de Kuiper.
Os planos iniciais da missão previam que a New Horizons pudesse visitar pelo menos um ou dois objectos adicionais nesta região. Porém, e tendo em conta que o principal objectivo da missão era o estudo no sistema de Plutão, qualquer corpo a visitar após o encontro histórico teria de se encontrar a 1º da trajectória da sonda na altura do encontro com Plutão e ocorrer até um limite de 55 UA (Unidades Astronómicas).
A restrição de 1º é imposta devido à quantidade mínima de hidrazina que permaneceu na sonda após a campanha de Plutão e a restrição das 55 UA está relacionada com as capacidades de comunicação da New Horizons, pois para lá dessa distância as ligações de comunicações tornam-se muito fracas para permitir um sobrevoo e a fonte de energia já terá decaído demasiado para permitir as observações científicas de quaisquer objectos para lá dessa distância.
Os objectos a visitar por parte da New Horizons teríam de ter mais de 50 km de diâmetro, serem de cor neutra e se possível possuírem uma lua. Em Outubro de 2014, o telescópio espacial Hubble revelou três possíveis candidatos para uma missão da New Horizons para lá de Plutão. Todos os objectos tinham entre 30 km a 55 km de diâmetro e foram observados a distâncias de 43 UA e 44 UA. Os objectos foram identificados como PT1, PT2 e PT3, e as estimativas de combustível para atingir estes objectos eram de 100%, 7% e 97%, respectivamente. Todos estes objectos têm uma baixa inclinação e uma baixa excentricidade, sendo estas características clássicas dos objectos na Cintura de Kuiper ao contrário de Plutão.
Caso o objecto PT1 fosse seleccionado, a New Horizons poderá atingi-lo em Janeiro de 2019. Porém, o objecto PT3 parecia ser o preferível, pois é mais brilhante e logo possivelmente de maior dimensões do que o objecto PT1. O objecto PT2 já não era considerado na altura pela passagem por Plutão, e o objecto PT1 (com um diâmetro entre 40 km a 70 km) parecia ser o alvo proferido. Uma decisão final seria tomada em Agosto de 2015 e assim foi, com a NASA a seleccionar o asteróide 2014 MU69 como o próximo alvo da New Horizons. O encontro com este longínquo corpo celeste terá lugar no dia 1 de Janeiro de 2019!
Após este encontro, a New Horizons irá juntar-se às sondas Voyager na exploração dos limites exteriores do Sistema Solar, mapeando a heliosfera. Presentemente, estima-se que a New Horizons irá terminar a sua missão tendo por base o seu combustível atómico em 2026. Nesta altura, a obtenção de dados da heliosfera será intermitente com a divisão do fornecimento de energia pelos seus instrumentos, tal como é feito com as Voyager.
Caso a sonda ainda esteja a funcionar quando atingir a heliosfera exterior, espera-se que a New Horizons encontre a heliopausa em 2047 e se junte à Voyager-1 e à Voyager-2 no meio interestelar.