A Shenzhou-9 encontra-se nas suas órbitas finais antes de executar a retrotravagem que a fará perder velocidade e assim iniciar o seu regresso à Terra com uma reentrada atmosférica. Antes, dar-se-á a separação dos três módulos que compõe o veículo.
Os três taikonautas (jing Haipeng, Liu Wang e Liu Yang) encontram-se no interior do Módulo de Regresso envergando os seus fatos pressurizados. Estas fatos são utilizados, tal como acontece nas cápsulas Soyuz TMA, durante as fases mais críticas da missão, isto é no lançamento e no regresso à Terra e neste caso durante as manobras de encontro e acoplagem com o módulo orbital TG-1 Tiangong-1.
O módulo Tiangong-1 será manobrado para uma órbita mais elevada onde irá aguardar a próxima missão, a Shenzhou-10, que provavelmente será lançada em princípios de 2013.